南昌航空大学档案馆成立于2005年10月，正处级建制。馆藏1个全宗，截至2020年底，馆藏档案共计43715卷42889件，案卷排架长度1591米，另有照片档案43065张。馆藏内容丰富，保存了自1952年建校以来的许多珍贵档案。

南昌航空大学档案馆保存有党政管理、教学、基建、科研、财会、外事、设备、出版、产品、声像、人事等11个门类的档案及资料。

党政管理档案包括党群系统和行政系统在工作中形成的档案。其中党群档案由党务综合、纪检、组织人事、宣传教育、统战、工会、团委等部分组成；行政档案由综合、人事、监察审计、武装保卫、总务、档案图书等部分组成，是我校行政管理工作具体、真实的记录。

教学档案由教学综合、学科建设、招生、学籍管理、教材管理、研究生教育、成人教育等部分组成，是我校在教学管理与教学实践过程中形成的文件材料。其中学生成绩单、毕业生登记表等具有重要的查考和凭证作用。

基建档案是我校在基建管理和基建项目活动过程中形成的材料，包括建筑物的设计文件、施工文件、竣工验收文件等。它们为建筑物的日常管理、维修、装修、改建等提供重要的参考依据。

科研档案是我校在科研管理和实践活动中形成的科研计划、研究报告、研究成果等材料，真实的反映了我校的科学研究活动情况。

财会档案是财务处、校工厂、书报资料中心等5个立卷部门在财务管理和会计活动中形成的有保存价值的工资清册、凭证、帐簿、报表等。

外事档案由综合、出国出境、来校、国际合作与会议等部分组成，反映了我校与外事团体和个人在学术研究、科技合作、人才交流、友好往来等活动。

设备档案主要是指学校用于教学科研及其它等方面的仪器设备的计划、管理制度、年度报表和有关仪器设备的资料、说明书等。

出版档案包括出版工作的计划、总结及管理等文件，此外还包括学校的校报、校刊的出版物。

产品档案主要有校办产业的生产计划、管理制度、总结、报表等，对校办产业的各类产品按类管理。

声像档案载体形式包括照片、录音、录像、光盘等多种形式，内容涉及到学校的各个方面，是南昌航空大学历史发展及各项工作情况真实、形象的原始记录。

人事档案包括履历材料，自传及属于自传性质的材料，鉴定、考察、考核材料，学历、学位、学籍、培训和专业技术情况的材料，政审材料，党团材料，党内外奖励材料，违纪材料，工资级别表，干部任免呈报表等材料及其他可供组织参考有保存价值的材料。